Układ pokarmowy noworodka i niemowlęcia, a potem i małego dziecka spełnia co prawda wszystkie podstawowe funkcje, jednak jego dojrzałość czynnościowa u poszczególnych dzieci bywa w czasie zróżnicowana. Zmniejszone napięcie dolnego zwieracza przełyku sprzyja typowym dla wieku niemowlęcego regurgitacjom i ulewaniu. Aktywność i ilość wydzielanych enzymów trawiennych, z wyjątkiem laktazy, dojrzewa i osiąga poziom dorosłych w różnym czasie (np. amylaza trzustkowa i pepsyna dopiero ok. 1. r.ż.). Obniżone jest wydzielanie soku żołądkowego, a jego pH jest stosunkowo wysokie. Czas pasażu u niemowląt i dzieci młodszych wydaje się krótszy niż u dzieci starszych i dorosłych. Wydzielanie żółci oraz krążenie kwasów żółciowych są początkowo niedoskonałe, co przejściowo upośledzać może trawienie tłuszczów. Pierwsze dwa lata życia to także okres dojrzewania i stabilizowania się mikrobioty jelitowej – jej skład i funkcjonalność zbliżoną do obserwowanej u dorosłych dzieci uzyskują ok. 2.–3. r.ż. Wszystko to powoduje większe lub mniejsze problemy z adaptacją do spożywanych posiłków i wywoływać może zaburzenia określane ogólnym mianem czynnościowych.
