U części pacjentów po przebyciu ostrej infekcji żołądkowo-jelitowej dochodzi do wystąpienia przewlekłych zaburzeń w funkcjonowaniu przewodu pokarmowego. W 2018 roku Grupa Robocza Fundacji Rzymskiej zdefiniowała kryteria pozwalające rozpoznać poinfekcyjny zespół jelita drażliwego (PI-IBS). Czynniki ryzyka wystąpienia PI-IBS to m.in. płeć żeńska, młodszy wiek, cięższy przebieg infekcji, ale także czynniki psychologiczne: duży poziom lęku, neurotyzm, ekstrawertyzm. Zaburzenie ma złożoną patogenezę, której istotą jest przewlekły proces zapalny o niewielkim nasileniu toczący się w błonie śluzowej jelit. Podnosi się również istotną rolę zaburzeń mikrobioty w inicjacji procesu zapalnego. Z uwagi na wieloczynnikową etiologię nie ma leczenia przyczynowego. Zaleca się modyfikację stylu życia, ograniczenie fermentujących wielocukrów i polioli w diecie, zwiększenie podaży błonnika rozpuszczalnego. Korzystne może być stosowanie probiotyków o udowodnionej w badaniach skuteczności, np. Bifidobacterium infantis 35624 czy Lactobacillus. Z powodu braku skutecznej terapii opartej na badaniach zaleca się postępowanie zgodne z opiniami ekspertów.