W wieloczynnikowej patogenezie IBS istotną rolę odgrywają zaburzenia interakcji dwukierunkowej osi jelito-mózg. Mikrobiota jelitowa jest zasadniczym elementem tych interakcji, a dysbioza bakteryjna bezpośrednio wpływa na pozostałe mechanizmy patogenetyczne IBS. Zespół rozrostu bakteryjnego SIBO to zespół objawów żołądkowo-jelitowych spowodowany nadmierną ilością bakterii w jelicie cienkim. Ryzyko wystąpienia SIBO w IBS jest prawie 10 razy wyższe niż u osób bez IBS – SIBO może występować nawet u 84% pacjentów z IBS. Z uwagi na działania niepożądane antybiotyków ogólnoustrojowych i ryzyko powstania antybiotykooporności preferowanym lekiem w eradykacji SIBO jest działający jedynie w jelicie eubiotyk ryfaksymina.