W ostatnim czasie zwraca się coraz większą uwagę na interdyscyplinarne leczenie nowotworów układu pokarmowego. Obecnie zagadnienia dotyczące mikrobiomu jelitowego stają się integralną częścią kompleksowej terapii przeciwnowotworowej. Niezwykle istotne jest indywidualne dopasowanie probiotyków do stanu i potrzeb pacjenta. W pierwszej kolejności należy ustalić cele probiotykoterapii (np. modulacja układu immunologicznego, odbudowa bioróżnorodności, przywrócenie stanu eubiozy, redukcja dolegliwości ze strony przewodu pokarmowego związanych np. z radioterapią i chemioterapią, poprawa stanu odżywienia oraz jakości życia pacjenta, itp.), a następnie należy monitorować je za pomocą odpowiednich parametrów oraz wystandaryzowanych kwestionariuszy. Dostępne są probiotyki jako preparaty jednoszczepowe oraz jako mieszanka szczepów probiotycznych. Analiza mikrobiomu jelitowego może być pomocna w dobraniu odpowiednich preparatów umożliwiających jego modyfikację.